Huvudskillnaden mellan fagocytos och opsonisering är att fagocytos är en mekanism som exekveras av vissa celler eller organismer för att inta eller uppsluka främmande partiklar medan opsonisering är den process genom vilken patogener avlägsnas från systemet när de markeras med opsoniner.
Immunologiska svar kan vara medfödda eller anpassningsbara. Patogener har patogenigenkänningsreceptorer som gör det lättare att identifieras av värden. Opsonisering och fagocytos är två immunologiska svar. Vid opsonisering identifierar och markerar värden invaderande partiklar för destruktion genom produktion av opsoniner. Fagocytos är en mekanism genom vilken vissa immunceller slukar och förstör invaderande partiklar eller främmande partiklar från kroppen.