Huvudskillnaden mellan fritt klor och totalt klor är att fritt klor är den mängd klor som kan inaktivera patogena mikroorganismer som finns i vattnet medan total klor är summan av kombinerat klor och fritt klor. Värdet av det fria kloret är alltid lägre än det totala klorvärdet.
Kombinerat klor är den mängd klor som reagerar med kväveinnehållande föreningar som finns i vattnet. Därför är detta klor inte tillgängligt för desinfektion av vatten. Detta betyder att termen total klor ger den totala mängden klor som är tillgänglig och otillgänglig för inaktivering av patogena (sjukdomsframkallande) mikroorganismer i vatten.
