Huvudskillnaden mellan syster- och icke-syster-kromatider är att syster-kromatider är identiska och innehåller samma allel i samma loci medan icke-syster-kromatider inte är identiska och innehåller olika alleler av samma gen i samma loci.
De två typerna av kromatider som finns i cellen som genomgår celldelning är systerkromatider och icke-systerkromatider. Generellt bildas kromatider under tidiga skeden av celldelning. Å andra sidan bildas icke-systeriga kromatider under metafas I av meios. De är närvarande i det homologa kromosomparet på cellekvatorn medan systerkromatider finns i samma kromosom. Dessutom förenar kromosomens centromer de två systerkromatiderna.
