Huvudskillnaden mellan endocytos och fagocytos är att endocytos är processen att ta ämnet in i cellen genom att bilda cellmembranblåsor medan fagocytos är processen att ta den stora fasta substansen in i cellen genom att bilda fagosomer.
Endocytos och fagocytos är två transportmekanismer som tar material in i cellen. Endocytos är av tre kategorier. Bland dem är fagocytos och pinocytos de två vanligaste typerna. Dessutom är fagocytos en form av endocytos. Under båda mekanismerna tas materialet inuti blåsorna. Dessa material inkluderar cellrester, enzymer, döda celler, patogener, hormoner, näringsämnen etc. Den motsatta mekanismen för endocytos är exocytos, vilket innebär att material tas bort från cellen som är innesluten i vesiklar.
