Huvudskillnaden mellan endocytos och exocytos är att endocytos tar ämnen in i cellen medan exocytos transporterar ämnen till utsidan av cellen.
En cell har ett cellmembran som fungerar som en barriär mellan cellens inre och den yttre miljön. Därför, med ett sådant membran, behöver celler någon form av transportmekanism för att ansluta till den yttre miljön. Exempelvis behöver celler få näringsämnen och utsöndra avfall från cellen. För detta ändamål har celler fyra grundläggande mekanismer för transport: diffusion, osmos, aktiv transport och bulktransport. Diffusion och osmos är passiva processer medan aktiv transport och bulktransport är aktiva processer som förbrukar energi. Endocytos och exocytos är två typer av bulktransportmekanismer, som transporterar stora partiklar genom plasmamembranet, antingen från cell till yttre miljö eller från yttre miljö till cell. Båda dessa mekanismer bildar membranbundna vesiklar som transportmedel.
