Huvudskillnaden mellan glyoxysomer och peroxisomer är att glyoxysomer endast finns i växtceller och trådformiga svampar medan peroxisomer finns i nästan alla eukaryota celler. Glyoxysomer är rikliga i växtceller av spirande frön medan peroxisomer är rikliga i lever- och njurceller.
Dessa två organeller är mikrokroppar som finns i eukaryota celler. Glyoxysomer är specialiserade peroxisomer som endast finns i växtceller och trådsvampar. Peroxisomer är organeller som hjälper till att bryta ner långa fettsyrakedjor och avgifta cellen. De bryter ner alkoholer och andra skadliga föreningar.