Huvudskillnaden mellan kemotaxis och fagocytos är att kemotaxis är en riktad migration av celler eller en organism längs en kemisk koncentrationsgradient medan fagocytos är en mekanism som omsluter främmande infektiösa partiklar för att neutralisera eller förstöra dem.
Leukocyter är viktiga celler i immunsystemet. De är vita blodkroppar. Vissa leukocyter är fagocyter. Fagocyter använder fagocytos för att uppsluka främmande partiklar. Monocyter, neutrofiler och makrofager är några exempel på fagocyter. För att nå antigener eller främmande partiklar använder fagocyter kemotaxi. Chemotaxis är rörelsen av celler eller organismer mot eller bort från de kemiska stimuli. Vidare mobiliseras fagocyter och immunceller till infektionsstället, vävnadsskada och immunreaktioner genom kemotaxi.