Huvudskillnaden mellan opsonisering och neutralisering är beroende av hur de utför det immunologiska svaret. Vid opsonisering markeras patogenerna innan de förstörs medan patogenen neutraliseras i neutralisering.
Immunologiska svar kan vara medfödda eller anpassningsbara. Patogener har patogenigenkänningsreceptorer, vilket gör det lättare att identifieras av värden. I opsonisering producerar värden opsoniner. Vid neutralisering producerar emellertid värden neutraliserande antikroppar för att neutralisera effekten av antikropp-antigenreaktionen.
