Huvudskillnaden mellan epistatisk gen och hypostatisk gen är att den epistatiska genen är en gen som påverkar expressionen av en annan gen på ett annat ställe medan den hypostatiska genen är genen som utsätts för interferensen av den epistatiska genen.
Vissa gener är beroende av andra icke-alleliska gener för deras uttryck. Epistasis är en form av geninteraktion där en gen stör eller maskerar uttrycket av en annan gen lokaliserad på ett annat ställe. Därför är det typ av icke-allelisk geninteraktion. I denna speciella geninteraktion interagerar två gener, och de är den epistatiska genen och den hypostatiska genen. Följaktligen är genen som maskerar uttrycket för en annan gen känd som epistatisk gen medan genen vars uttryck påverkas är känd som en hypostatisk gen.
