Nyckelskillnaden mellan gen och allel är att genen är en specifik nukleotidsekvens som kodar för ett specifikt protein medan allelen är en variant av en gen antingen den dominerande eller den recessiva varianten.
En gen är den ärftliga grundenheten. Specifikt har den en exakt nukleotidsekvens som kodar för en specifik proteinmolekyl, vilket ger ett särskilt drag. Gener går från föräldrar till avkomma. Följaktligen lagras den genetiska informationen som kräver för organismens övergripande funktion i form av gener. Dessutom har en kromosom många gener. Därför har en viss gen en specifik plats i kromosomen vad vi kallar ett lokus. Vanligtvis har en gen två alternativa former som kallas alleler. Med enkla ord är alleler varianterna av generna antingen den dominerande varianten eller den recessiva varianten. De är belägna på samma nivå som kromosomens systerkromatider.
