Huvudskillnaden mellan allel och genotyp är att allelen är en av variantformerna av en gen lokaliserad på samma genetiska plats i en kromosom medan genotyp är den genetiska sammansättningen av ett visst drag.
Genetik är studiet av gener och ärftliga mönster i organismer. Kromosomer är strukturerna som innehåller en organisms genetiska information. Därför finns det ett specifikt antal kromosomer i genomet i eukaryoter. Varje kromosom har tusentals gener som är specifika regioner i kromosomerna. Faktum är att gener är strukturella enheter i genetik som lagrar genetisk information för att producera proteiner. Varje gen har två kopior som kommer från varje förälder.
På liknande sätt är en allel en variant av en gen eller form av en gen. Dessutom har varje gen två former av alleler som bestämmer karakteristiken som genen kodar för. Därför är genotyp den genetiska sammansättningen av en organism som bestäms av fördelningen av alleler i olika gener.
