shRNA vs siRNA
Under RNA-interferensprocessen (RNAi) slås uttrycket av en målgen ner med hög specificitet och selektivitet. RNAi är en naturlig process, och det involverar små störande RNA (siRNA) och kort hårnål RNA (shRNA) och bi-funktionell shRNA. För närvarande används RNAi i stor utsträckning som ett verktyg för personlig cancerbehandling. Tillämpningarna av RNAi görs i grunden med de kemiskt syntetiserade dubbelsträngade siRNA- och vektorbaserade shRNA-molekylerna. Även om dessa två molekyler har liknande funktionella resultat skiljer de sig åt i sin struktur; sålunda skiljer sig också de molekylära verkningsmekanismerna, RNA-vägarna och effekter utanför målen.
shRNA
shRNA är en sekvens av liten RNA-molekyl som gör en tät hårnålsvridning som kan användas för att tysta ett målgenuttryck under RNAi. Uttryck av shRNA uppnås med en vektor, som kan vara antingen ett virus eller en bakterie eller genom avgivning av plasmider. De syntetiseras i cellkärnan och transporteras till cytoplasman för ytterligare processer. Dessa molekyler har liknande mognadsvägar för miRNA; sålunda har syntesen av miRNA gett grunden för förståelse av shRNA-syntes. Antingen RNA-polymeras II eller III kan transkribera shRNA genom RNA-polymeras II eller III-promotorer. Fördelen med användningen av shRNA är att de har relativt låg nedbrytningshastighet och omsättning. Nackdelen är att den behöver en uttrycksvektor, vilket kan orsaka vissa säkerhetsproblem.
siRNA
siRNA är dubbelsträngade RNA-molekyler som består av 20-25 baspar i längd. Dessa används för gensuppression genom att tysta vilken gen som helst med komplementär nukleotidsekvens i RNAi-vägen. Genknockning genom transfektion av siRNA misslyckas ofta på grund av den övergående effekten; särskilt i celler som snabbt delar upp sig och undertryckningen varar inte längre. För att övervinna denna fråga modifieras siRNA genom att införa en kort hårnålsstruktur. Denna modifierade molekyl som sedan kallades shRNA. shRNA bör konverteras till siRNA av en Dicer för att fortsätta sin normala funktion.
Vad är skillnaden mellan shRNA och siRNA?
• Till skillnad från siRNA har shRNA en extra hårnålsstruktur. shRNA är en modifierad version av siRNA.
• shRNA kräver en expressionsvektor, medan siRNA inte gör det.
• shRNA kan användas för långvarig knockdown medan siRNA endast kan användas för kortvarig knockdown av gener.
• Till skillnad från genundertryckningen av siRNA är undertryckandet av shRNA långvarigt och om det sätts in via en lämplig virusvektor kan det ge permanenta dämpande effekter.
• Dicer krävs för att konvertera shRNA tillbaka till siRNA-molekyl för att kunna utföra dess normala funktioner.
