Nyckelskillnad - PCR Primers vs Sequencing Primers
Med den senaste utvecklingen inom molekylärbiologin utvecklades olika genetiska tekniker som gjorde undersökningsprocesserna för olika vägar av ämnet enkla och korrekta. PCR och andra sekvenseringsförfaranden är två viktiga sådana tekniker. De använder olika delkomponenter. Primers betraktas som den huvudsakliga underkomponenten som är gemensam för både PCR- och sekvenseringstekniker. PCR- Detta är nyckelskillnaden mellan PCR-primers och sekvenseringsprimers.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är PCR-primers
3. Vad är sekvenseringsgrunder
4. Likheter mellan PCR-grundfärger och sekvenseringsgrunder
5. Jämförelse vid sida vid sida - PCR-primers vs sekvenseringsgrunder i tabellform
6. Sammanfattning
Vad är PCR-grundfärger?
Polymeras kedjereaktion (PCR) är en genetisk teknik som används inom molekylärbiologi för att förstärka en eller flera kopior av ett visst DNA-segment och för att erhålla många miljoner identiska kopior. I en PCR-reaktion används olika komponenter inklusive primers. Primers är korta DNA-strängar med en nukleotidlängd på 18-25 vilket gör dem kompatibla med start- och slutregionen för DNA-fragmenten som ska amplifieras. Primers kan vara en primer framåt och omvänd primer. Dessa primers binder till DNA-fragmentet vid de specifika punkterna där det gör DNA-polymeras att binda till den specifika primern på platsen och initiera syntesen av den nya DNA-strängen.
Valet av primers är en viktig aspekt av PCR-processen. Valet av primerns längd är viktigt. Den ideala längden skulle vara 18-25 nukleotider. Om längden är för kort eller för lång, kommer inte primrarna att binda till DNA-sekvensen som ska amplifieras exakt. Primers som är för korta i längden leder till ospecifik primerglödgning på olika platser i DNA-sekvensen.
Figur 01: PCR-grundfärger
Guanin- och cytosininnehållet (GC) i en bra grundfärg bör ligga i intervallet 40-60. Primerglödgningstemperaturen och smälttemperaturen är viktiga faktorer under PCR. Smältningstemperaturen bör beräknas noggrant och grundglödgningstemperaturen bör vara 5 ° C lägre än smälttemperaturen. Smältningstemperaturen bör vara 60 ° C och 75 ° C. För höga eller för låga temperaturer kommer att resultera i mindre aktiv DNA-polymerasaktivitet.
Vad är Sequencing Primers?
Sekvenseringsprimrar används i sammanhanget med sekvensering av ett DNA-fragment i avsikt att avslöja dess specifika identitet. För att uppnå bra sekvenseringsresultat är primers och mallar av hög kvalitet viktiga. Således, när primrar väljs, bör de vara unika för en viss region där vi önskar sekvensera. Det bör också ha en korrekt orientering där sekvenserna genereras vanligtvis från 3 'till 5' ändar av primers. Sekvensen bör sakna oönskad självhybridisering, såsom bildandet av hårnålsslingor. Det bör inte innehålla bildning av Guaninbaser i följd.
Primerens smälttemperatur (Tm) måste vara lämplig för förhållandena för sekvenseringen. Därför bör den ligga mellan 52 ° C och 74 ° C. Beredning av oligonukleotider som ska användas som en primer bör renas för att erhålla den önskade fullängden av sekvensen. Om oligonukleotiderna innehåller föroreningar kommer primersekvenssignaliseringen att läggas över från olika grundningsställen och det kommer också att minska antalet basceller.
Figur 02: Sekvenseringsgrunder
Primersmältningstemperaturen (Tm) för en oligonukleotid avgör hur starka de komplementära DNA-strängarna hybridiseras med varandra. Tm kan betraktas som en termodynamisk beräkning där den är beroende av både DNA-sekvenser och flera tillstånd såsom saltkoncentration. Tm är viktigt under PCR där en variant som kallas cykelsekvensering används för att producera en grupp dideoxynukleotid-avslutade fragment. Här kommer primern som sekvenseras initialt att glödgas alternativt, sedan förlängas och sist denatureras för amplifiering. Därför bör Tm-värdet ligga mellan 52 o C och 74 oC. Syntetiserade oligonukleotider kan erhållas från DNA / RNA-synteslaboratorier enligt val. Den lilla syntesskalan som används för DNA-sekvensering är vanligtvis 50 nmol. Viktigast är också att primrarna som används för sekvensering ska renas för att vara fria från föroreningar som förhindrar kvalitetsreduktion.
Vad är likheterna mellan PCR-primers och Sequencing Primers?
- Både PCR-primers och Sequencing Primers är primers som används i amplifieringsprocessen för en riktad DNA-sekvens.
- Både PCR-primers och Sequencing Primers består av nukleotider.
- Både PCR Primers och Sequencing Primers är korta oligomerer.
Vad är skillnaden mellan PCR-grundfärger och sekvenseringsgrunder?
Skilja artikeln mitt före bordet
PCR Primers vs Sequencing Primers |
|
| PCR-primers är korta DNA-strängar med en nukleotidsekvenslängd på 18-25 vilket gör dem kompatibla med start- och slutregionen för DNA-fragmenten som ska amplifieras. | Sekvenseringsprimrar är korta oligomerer som används i samband med sekvensering av ett DNA-fragment i avsikt att avslöja dess specifika identitet. |
| Fungera | |
| PCR-primers används för amplifiering av en viss DNA-sekvens. | Sekvenseringsprimrar används i sammanhanget med sekvensering av ett DNA-fragment i avsikt att avslöja dess specifika identitet. |
| Antal primrar som behövs | |
| Två grundfärger; en framåtriktad primer och en omvänd primer används som PCR-primer. | Behöver bara en primer som sekvenseringsgrunder. |
Sammanfattning - PCR Primers vs Sequencing Primers
Sekvenseringsprimrar används i sammanhanget med sekvensering av ett DNA-fragment i avsikt att avslöja dess specifika identitet. En sekvenseringsgrunder räcker för att köra processen. För att uppnå bra sekvenseringsresultat är primers och mallar av hög kvalitet viktiga. Således, när primrar väljs, bör de vara unika för en viss region där vi önskar sekvensera. PCR-primers är korta DNA-strängar med en nukleotidlängd på 18-25 som är kompatibel med start- och slutregionen för DNA-fragmenten som ska amplifieras. PCR-primers kan vara en primer för framåt och omvänd primer. Guanin- och cytosininnehållet (GC) i en bra grundfärg bör ligga i intervallet 40-60. Primerglödgningstemperaturen och smälttemperaturen är viktiga aspekter under PCR. Detta är skillnaden mellan PCR-primers och Sequencing-primers.
