Nyckelskillnad - Nick Översättning vs Primer Extension
Nick translation och primerförlängning är två viktiga tekniker som utförs inom molekylärbiologi. Huvudskillnaden mellan nick-translation och primerförlängning är att nick-translationsprocessen producerar märkta sonder för andra hybridiseringstekniker medan primerförlängningsmetoden identifierar en specifik RNA-sekvens från en blandning och avslöjar information om uttrycket av mRNA. Båda teknikerna har stor betydelse och utförs rutinmässigt i molekylära forskningslaboratorier.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är Nick-översättning
3. Vad är Primer Extension
4. Jämförelse vid sida - Nick Translation vs Primer Extension
5. Sammanfattning
Vad är Nick-översättning?
Nick-translation är en viktig teknik som används för att förbereda märkta sonder för olika molekylärbiologiska tekniker såsom blotting, in situ-hybridisering, fluorescerande in situ-hybridisering etc. Det är en in vitro-metod för DNA-märkning. DNA-sonder används för att identifiera specifika DNA- eller RNA-sekvenser. Med hjälp av en märkt sond kan specifika fragment markeras eller visualiseras från en komplex blandning av nukleinsyra. Därför framställs märkta sönder med användning av olika tekniker för att användas för olika tekniker. Nick-translation är en sådan metod som producerar märkta sonder med hjälp av DNas 1- och DNA-polymeras 1-enzymer.
Nick-översättningsprocessen börjar med enzymaktivitet DNase 1. DNas 1 introducerar fästingar i fosfatstommen i dubbelsträngat DNA genom att klyva fosfodiesterbindningar mellan nukleotider. När nicket har skapats kommer 3'OH-gruppen i nukleotiden att ges och DNA-polymeras 1-enzym kommer att verka på det. 5 'till 3' exonukleasaktivitet av DNA-polymeras 1 avlägsnar nukleotider från nicket mot 3'-riktningen för DNA-strängen. Samtidigt fungerar polymerasaktivitet hos DNA-polymeras 1-enzym och adderar nukleotider för att ersätta de avlägsnade nukleotiderna. Om nukleotiderna var märkta kommer ersättningen att ske med de märkta nukleotiderna och det kommer att markera DNA för identifiering. Detta nysyntetiserade märkta DNA kan användas som sonder i olika hybridiseringsreaktioner inom molekylärbiologi.
Figur 01: Nick översättningsprocess
Vad är Primer Extension?
Primerförlängning är en teknik som används för att hitta specifik RNA-sekvens från en RNA-blandning och lokalisera 5'-änden av mRNA-transkriptet. Det används också för att studera strukturen för RNA och expression. Primerförlängningsmetoden utförs med märkta primers eller med märkta nukleotider. Om märkta primers används utesluter det behovet av att märka de nukleotider som används för syntes av cDNA. Det finns flera steg i denna teknik. Det börjar med extraktion av RNA från provet. Sedan tillsätts en märkt oligonukleotidprimer till blandningen tillsammans med nödvändiga ingredienser för att syntetisera cDNA för en specifik RNA-sekvens. Primer glödgar med den komplementära sekvensen från blandningen. Med primer glödgad sekvens som mall,enzymet omvänd transkriptas syntetiserar det komplementära DNA: t (cDNA) i RNA-sekvensen. Primerglödgning och omvänd transkription sker endast när den specifika RNA-sekvensen är närvarande i provet. Slutligen, när denaturerande gelelektrofores utförs, kan storleken på RNA-sekvensen bestämmas. Det är också lätt att hitta +1-basen för mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringsplats) med primerförlängningsmetoden. Mängden mRNA som finns i provet är kan kvantifieras med denna metod om överflödig primer används. Det är också lätt att hitta +1-basen för mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringsställe) med primerförlängningsmetoden. Mängden mRNA som finns i provet kan kvantifieras med denna metod om överflödig primer används. Det är också lätt att hitta +1-basen för mRNA-sekvensen (transkriptionsinitieringsplats) med primerförlängningsmetoden. Mängden mRNA som finns i provet är kan kvantifieras med denna metod om överflödig primer används.
Figur 02: Grundförlängning
Vad är skillnaden mellan Nick Translation och Primer Extension?
Skilja artikeln mitt före bordet
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick-översättning är en process som skapar märkta DNA-sonder för olika hybridiseringsreaktioner. | Primerförlängning är en teknik som används för att hitta specifikt RNA eller för att studera genuttryck. |
| Enzymer som används | |
| DNas 1- och DNA-polymerasenzymer används. | Omvänd transkriptasenzym används. |
| Betydelse | |
| Nick-översättning underlättar märkningen av specifik DNA-sekvens. | Primerförlängning möjliggör detektering av specifik mRNA-sekvensstorlek och mängden som finns i provet. |
Sammanfattning - Nick Translation vs Primer Extension
Nick-translation är en metod som används för att syntetisera märkta sonder baserade på aktiviteterna i enzymerna DNas 1 och E coli DNA-polymeras 1. Det är en in vitro-metod som används i laboratorierna före olika hybridiseringstekniker. Under nick-translationen avlägsnar 5'-3 'exonukleasaktivitet av DNA-polymeras 1 nukleotider före nicket och polymerasaktiviteten för DNA-polymeras 1 ersätter de avlägsnade nukleotiderna med märkta nukleotider bakom nicket. Primer-förlängning är en metod som används för att detektera ett specifikt RNA-transkript från en blandning och kvantifiera storleken och mängden av intresse-RNA. Detta är skillnaden mellan nick-översättning och primer-förlängning.
