Nyckelskillnaden mellan primer och promotor är att primer är en kommersiellt syntetiserad kort DNA-sekvens som används i PCR för amplifiering av en mål-DNA-sekvens medan promotor är en specifik DNA-sekvens som ger ett säkert initialt bindningsställe för RNA-polymeras och transkriptionsfaktorer i för att initiera transkription.
Primer och promotor är två typer av DNA-sekvenser. Primer är ett litet fragment av DNA som behövs för polymeraskedjereaktion (PCR). Den har korta nukleotidsekvenser komplementära till den flankerande änden av DNA-strängen. Det finns två typer av primers, och de fungerar som utgångspunkter för syntesen av nya DNA-strängar. Däremot är en promotor en specifik DNA-sekvens belägen uppströms om transkriptionsinitieringsstället för en gen. Det interagerar direkt med transkriptionsmekanismens komponenter såsom RNA-polymeras och transkriptionsfaktorer för att kontrollera DNA-transkription. Därför binder RNA-polymeras och andra transkriptionsfaktorer till promotorsekvensen och initierar transkription.
