Nyckelskillnad - Probe vs Primer
Den molekylära sonden är ett litet DNA- eller RNA-fragment som känner igen de komplementära sekvenserna i DNA eller RNA och möjliggör identifiering av målsekvensen. Primer är en liten sträcka av DNA eller RNA som fungerar som en utgångspunkt för DNA-syntes. Primers och sönder hybridiserar med de komplementära nukleotiderna i mall-DNA eller mål-DNA. Huvudskillnaden mellan sond och primer är dock att primers är nödvändiga för DNA-replikering medan sonder är nödvändiga för detektion av specifika sekvenser i prov-DNA.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är prob
3. Vad är grundfärg
4. Jämförelse vid sida vid sida - Sond mot primer
5. Sammanfattning
Vad är en sond?
Probe är ett litet fragment av DNA eller RNA som används för att detektera mål-DNA eller RNA i provet genom molekylär hybridisering. De är också kända som molekylära markörer. Längden på sonden kan variera (100 till 1000 baser), och sondnukleotider är komplementära till den del av målsekvensen. För att underlätta detekteringen märks sonder med radioaktiva isotoper eller med fluorescerande färgämnen eller antikroppar. Prober binder med de komplementära baserna i målsekvensen och avslöjar närvaron av mål-DNA eller RNA i provet. Det finns två huvudmetoder för märkning av sonder: slutmärkning och nicköversättning. Prober kategoriseras i olika typer inklusive DNA-prober, RNA-prober, cDNa-prober och syntetiska oligonukleotidprober, och de framställs med användning av olika tekniker.
Prober är viktiga verktyg inom många mikrobiella och molekylära områden såsom virologi, kriminalteknisk patologi, faderskapstest, DNA-fingeravtryck, detektion av genetiska sjukdomar, RFLP, molekylär cytogenetik, hybridisering in situ etc.
Figur 01: Fluorescensmärkt sond som används i FISH för detektering av patogener
Vad är en grundfärg?
Primer är ett kort DNA- eller RNA-fragment som fungerar som en initiator för DNA-syntes. DNA-polymerasenzym adderar nukleotider till 3'-OH-gruppen i primersekvensen och syntetiserar den nya strängen som är komplementär till mall-DNA. Primers är mycket korta fragment med längden 18 till 20 nukleotider. De syntetiseras kemiskt i laboratoriet för in vitro DNA-amplifiering (PCR). Primers kan ha vilken sekvens som helst av nukleotider eftersom de är designade av användaren. De syntetiseras för att matcha med de komplementära baserna i mall-DNA. Därför kan den ha vilken sekvens som helst av nukleotider. Primers är av yttersta vikt för DNA-replikering eftersom DNA-polymeras inte kan syntetisera nytt DNA utan en befintlig bit DNA. När du utformar primers för PCR måste följande saker övervägas:
- Primers bör innehålla de kompletterande nukleotiderna till den flankerande änden av DNA som vill förstärka.
- Primers bör ha en smälttemperatur mellan 55 - 65 ° C
- G- och C-halten bör vara mellan 50 och 60%.
Två primers används i PCR som framåt och bakåt för att replikera båda strängarna av prov-DNA. Primers används ofta för att utföra PCR- och DNA-sekvensering.
Figur 02: Primerglödgning i PCR
Vad är skillnaden mellan Probe och Primer?
Skilja artikeln mitt före bordet
Probe vs Primer |
|
| Probe är ett litet fragment av DNA / RNA som används för att detektera närvaron av målsekvensen i ett prov genom molekylär hybridisering. | Primer är en liten sträcka av DNA eller RNA som fungerar som en utgångspunkt för DNA-replikering. |
| Fungera | |
| Detta detekterar närvaron av en specifik sekvens i provet av DNA eller RNA. | Detta fungerar som en utgångspunkt för DNA-syntes. |
| Längd | |
| Längden kan ligga i intervallet 100 - 1000 baser | Längden är i allmänhet cirka 18 - 20 baser |
| Bindande med kompletterande sekvens | |
| Sond hybridiserar med de kompletterande baserna i målsekvensen | Primer glödgar med de komplementära baserna av DNA-strängarna. |
| Märkning | |
| Prober är märkta för enkel detektering | Primers är vanligtvis inte märkta |
| Använd i PCR | |
| Prober används inte i PCR | Primers används i PCR |
Sammanfattning - Probe vs Primer
Sonden är ett litet fragment av DNA- eller RNA-sekvens som kan hybridiseras med komplementära nukleotider för att detektera en målsekvens i provet. Prober märks radioaktivt, immunologiskt eller fluorescerande för att se närvaron av målsekvensen. Primer är ett mycket litet DNA- eller RNA-fragment som fungerar som utgångspunkt för in vitro DNA-amplifiering. DNA-polymeras identifierar 3'-OH-primer och initierar uppbyggnaden av en ny tråd som komplement till mallen. Prober och primers fungerar på liknande sätt genom att hybridisera med komplementära nukleotider. Således är nyckeldifferensen mellan sond och primer deras primära funktion.
