Huvudskillnaden mellan filsystem och databas är att filsystem endast hanterar den fysiska åtkomsten medan databasen hanterar både den fysiska och logiska åtkomsten till data.
Databas och filsystem är två metoder som hjälper till att lagra, hämta, hantera och manipulera data. Båda systemen tillåter användaren att arbeta med data på samma sätt. Ett filsystem är en samling råfiler som lagras på hårddisken, medan en databas är avsedd för att enkelt organisera, lagra och hämta stora mängder data. Med andra ord innehåller en databas ett paket med organiserad data vanligtvis i digital form för en eller flera användare. Förkortningen från databasen är DB. Det är möjligt att klassificera DB efter deras innehåll, såsom dokumenttext, bibliografisk och statistisk. Det är viktigt att notera att även i en databas lagras data till slut eller fysiskt i vissa filer.
