Huvudskillnaden mellan endopeptidas och exopeptidas är att endopeptidas bryter peptidbindningar i proteinmolekylerna medan exopeptidas klyver peptidbindningar vid terminalerna på proteinmolekylerna.
Proteiner är viktiga makromolekyler, som är väsentliga för de flesta biokemiska reaktioner som förekommer i alla organismer. Olika aminosyror sammanfogar och bildar dessa proteiner. Vidare katalyserar enzymer hydrolysen av proteiner tillbaka till aminosyror. De är specifika enzymer som kallas proteaser eller peptidas. Därför har de förmågan att bryta ner peptidkedjor av proteiner till aminosyror. Dessutom kan peptidas vara endopeptidas eller exopeptidas.
