Huvudskillnaden mellan DNA-RNA-hybrider och dsDNA är att DNA-RNA-hybrider är dubbelsträngade nukleotider sammansatta av en DNA-sträng och en komplementär RNA-sträng medan dsDNA är ett dubbelsträngat DNA bestående av två komplementära DNA-strängar.
I sitt ursprungliga tillstånd är DNA dubbelsträngat. Den har två komplementära DNA-strängar bundna via vätebindningar. RNA är enkelsträngat i sin naturliga struktur. I vissa fall bildar RNA duplexer med DNA. De är kända som DNA-RNA-hybrider. De bildas främst under transkription och multiplicering av onkogena RNA-virus. I jämförelse med dsDNA är DNA-RNA-hybrider mer stabila.
