Huvudskillnaden mellan mitokondriellt DNA och kloroplast-DNA är att mitokondriellt DNA finns i mitokondrierna hos eukaryota celler medan kloroplast-DNA finns i kloroplasterna i växtceller.
Mitokondrier och kloroplaster är två viktiga membranbundna organeller i eukaryota celler. Mitokondrier är kraftcellerna i celler. Å andra sidan är kloroplaster platserna för fotosyntes i växter. Både mitokondrier och kloroplaster antas ha sitt ursprung i prokaryota celler till eukaryota celler genom endosymbios. Dessa två organeller innehåller sitt eget DNA. Även om detta DNA inte är ett kärn-DNA i en cell och inte viktigt för cellens funktion, är det viktigt för några av deras egna cellorganelegenskaper.
