Huvudskillnaden mellan endosymbios och invagination är att endosymbios är en teori som förklarar ursprunget till mitokondrier och kloroplaster inne i den eukaryota cellen medan invaginationen är en process som förklarar kärnans och andra cellorganellers ursprung genom bildandet av invagination från plasma membran till cellinredningen.
Forskare tror att eukaryota celler har utvecklats från prokaryota celler. De har utvecklat många teorier för att förklara hur denna utveckling har inträffat. Endosymbios är en sådan teori som förklarar ursprunget till mitokondrier och kloroplast inuti de eukaryota cellerna från de prokaryota bakterierna. Medan invagination är en process som förklarar kärnans ursprung och andra membranbundna organeller inuti den eukaryota cellen.
