Huvudskillnaden mellan transgena och knockout-möss är att transgena möss har främmande gener infogade i sitt genom medan knockout-möss har en funktionellt inaktiverad gen av intresse.
Genteknik är genetikområdet där en organisms genetiska sammansättning modifieras eller manipuleras med rekombinant DNA-teknik. Transgena organismer tillverkas genom att införa främmande gener (transgener) i organismer med bioteknik. De kallas också genetiskt modifierade organismer. Transgena organismer är värdefulla forskningsverktyg. De är viktiga för att utforska en gens funktion och för genterapi och jordbruk. Möss används som laboratoriedjurmodeller eftersom de är närmare besläktade med människor. Transgena möss och knockout-möss är två typer av genetiskt modifierade djur. Hos transgena möss ersätts värdens DNA på ett ställe med en annan version av samma gen eller en helt annan gen. I knockout-möss raderas värdgenen helt enkelt eller inaktiveras funktionellt.