Huvudskillnaden mellan gen knockout och knockdown är att gen knockout är en teknik där genen av intresse avlägsnas helt (inoperativt tillstånd) för att studera genens funktioner medan gen knockdown är en annan teknik där genen av intresse tystas för att undersöka rollen för den specifika genen i ett biologiskt system.
Olika genetiska tekniker är i drift för att undersöka hur generna fungerar i de levande biologiska systemen. Gen-knockout och knockdown är två sådana tekniker. Dessa tekniker hjälper forskare att identifiera funktionella aspekter av olika gener i levande organismer.