Huvudskillnaden mellan kromatofokusering och isoelektrisk fokusering är att kromatofokusering är en typ av kolonnkromatografimetod som använder jonbytarhartser medan isoelektrisk fokusering är en typ av elektroforesteknik som använder immobiliserade pH-gradientgeler.
Kromatofokusering och isoelektrisk fokusering är två tekniker som separerar proteiner enligt deras isoelektriska punkter. Både kromatofokusering och isoelektrisk fokusering har stor lösningskraft. Kromatofokusering är en kolonnkromatografimetod med hög upplösning medan isoelektrisk fokusering är en elektroforetisk separationsmetod. Dessutom använder kromatofokusering inte ett elektriskt fält medan isoelektrisk fokusering behöver ett elektriskt fält.
