Huvudskillnaden mellan BCAA och aminosyror är att BCAA är grenad aminosyra som har alifatiska sidokedjor med en gren medan aminosyrorna är organiska föreningar som innehåller amingrupper, karboxylgrupper och en specifik sidokedja.
Aminosyror är byggstenarna i proteiner. Aminosyrans sidogrupp (R) bestämmer aminosyrans egenskaper. Därför är denna sidogrupp specifik för aminosyror. Med andra ord har olika aminosyror olika sidogrupper. BCAA har dock en extra unikhet; en central kolatom bunden till tre eller flera kolatomer.
