Huvudskillnaden mellan glukogena och ketogena aminosyror är att de glukogena aminosyrorna producerar pyruvat eller andra glukosprekursorer under deras katabolism medan ketogena aminosyror producerar acetyl CoA och acetoacetyl CoA under deras katabolism.
Aminosyror är de grundläggande molekylerna som utgör den kemiska strukturen hos proteiner och polypeptider. Även om det finns olika klassificeringar för aminosyror, kan vi klassificera dem som glukogena och ketogena aminosyror beroende på de mellanprodukter som de bildar under deras katabolism. Som nämnts ovan ger slutprodukten av katabolismen av aminosyror två typer av mellanprodukter; antingen pyruvat (eller till andra glukosprekursorer) eller acetyl CoA och acetoacetyl CoA.