Huvudskillnaden mellan kromatin och kromosomer är att kromatin är otrasslat och utvecklat DNA som existerar som ett komplex av DNA och histonproteiner medan kromosomer innehåller den högsta kondenserade strukturen i DNA-dubbelhelixen för korrekt separation av det genetiska materialet mellan dotterceller.
Kromatin och kromosom är två kategorier av strukturer i den dubbla DNA-spiralen som finns i olika steg i cellen. Det är viktigt att packa hela DNA som lagrar genetisk information i cellen i den eukaryota kärnan för existens. Följaktligen är kromatin den vanliga formen av förpackat DNA i cellen. Å andra sidan är kromosomer de viktigaste strukturerna i cellen under celldelning, och de innehåller det genetiska materialet i form av DNA. Detta beror på att de är ansvariga för överföring av ärftlig information från en generation till en annan. Det finns två typer av kromosomer som autosomer och sexkromosomer. Sexkromosomer är viktiga vid könsbestämning medan autosomer bestämmer de andra egenskaperna. I allmänhet uppträder kromosomer under metafas av celldelning.
