Huvudskillnaden mellan ribozymer och proteinenzymer är att ribozymerna är RNA-molekyler som kan katalysera vissa specifika biokemiska reaktioner medan proteinenzymerna är proteinmolekyler som kan katalysera de flesta av de biokemiska reaktioner som förekommer i de levande organismerna.
Enzymer är biologiska katalysatorer och de påskyndar biokemiska reaktioner. Generellt är alla enzymer proteiner som består av aminosyror. Därför kallas de också för proteinenzymer. Det finns dock specifika RNA-molekyler som kan fungera som katalysatorer för specifika biokemiska reaktioner. De är ribozymer eller ribonukleinsyraenzymer. Därför utför både ribozymer och proteinenzymer samma funktion som katalyserar biokemiska reaktioner.
