Huvudskillnaden mellan prokaryotiskt och eukaryotiskt DNA är att det prokaryota DNAet flyter fritt i cytoplasman medan det eukaryota DNAet ligger inne i kärnan.
Det finns två huvudkategorier av levande organismer såsom prokaryoter och eukaryoter. De skiljer sig från varandra genom sin mobilorganisation. Följaktligen har prokaryoter en enkel cellulär organisation. De saknar kärnor och membranbundna organeller. Å andra sidan har eukaryoter en komplex mobilorganisation. De har en riktig kärna som innehåller DNA och även membranbundna cellorganeller. Alla prokaryoter är encelliga medan eukaryoter kan vara encelliga eller flercelliga organismer. Prokaryoter och eukaryoter innehåller huvudsakligen DNA-genom. Deras DNA är förpackat i kromosomer. Eftersom prokaryoter inte har en kärna, flyter deras DNA fritt i cytoplasman. I eukaryoter ligger emellertid kromosomer inne i kärnan. Följaktligen omsluter kärnmembran allt eukaryot DNA.
