Huvudskillnaden mellan prokaryot och eukaryot topoisomeras är topoisomerasets cellulära ursprung. Prokaryota topoisomeraser är närvarande i cellerna med prokaryot cellulärt ursprung medan eukaryota topoisomeraser är närvarande bland organismer med eukaryot cellulärt ursprung. Dessutom skiljer de sig också i fördelningen. Prokaryota topoisomeraser förekommer i cellens cytoplasma medan eukaryota topoisomeraser distribueras i kärnan.
Ett isomeras är en grupp enzymer som katalyserar den strukturella omläggningen av molekyler. Topoisomeras är en typ av isomeraser. Det modifierar topologin för DNA-molekylen genom att reglera DNA-supercoiling. Det skär och återförslutar en eller båda delarna av DNA-duplexen. Därför kan DNA genomgå replikering, transkription, reparation och kromosomavskiljning. Det finns två typer av topoisomeraser, nämligen topoisomeras I och II.