Huvudskillnaden mellan endogena och exogena antigener är att det endogena antigenet genereras i cellerna medan det exogena antigenet kommer in i kroppen från utsidan.
Antigen är en molekyl eller ett ämne som reagerar på en produkt med ett specifikt immunsvar och stimulerar antikroppsgenerering. Antigeniciteten hos den specifika molekylen är förmågan hos ett antigen att inducera antikroppsproduktion. Antigener kan också vara antingen ett protein eller en polysackarid. Vidare förmedlar antigenpresenterande celler (APC), såsom dendritiska celler, processerna för antigenupptag, antigenbehandling och antigenpresentation. Dessutom kan antigener, beroende på immunaktiviteten, klassificeras som immunogener, tolerogener eller allergener. Dessutom kan vi också klassificera antigener efter deras ursprung som exogena eller endogena.