Huvudskillnaden mellan DNA och cDNA är att DNA innehåller både exoner och introner medan cDNA bara innehåller exoner.
DNA och cDNA är två typer av nukleinsyror som består av deoxiribonukleotider. DNA är en av de viktigaste makromolekylerna i levande organismer som skapar genomet. Genomet innehåller den allmänna genetiska informationen för en organism. Det utgör olika typer av sekvenser inklusive exoner som kodar sekvenser och introner som är icke-kodande sekvenser. Å andra sidan är cDNA eller komplementärt DNA en annan form av DNA som artificiellt syntetiseras från mRNA-molekyler av forskarna. Eftersom cDNA härrör från mRNA-mallar innehåller det inte sekvenser eller introner som inte kodar.