Huvudskillnaden mellan histopatologi och cytologi är att histopatologi är studiet av sjuka vävnader med hjälp av ett mikroskop medan cytologi är studiet av individuella celler i kroppen.
Celler är livets grundläggande strukturella enheter. Under diagnos av sjukdomar inom medicin undersöks celler och hela vävnader av patologer. Studien av vävnader i relation till sjukdom kallas histopatologi. Däremot är studien av en enda celltyp känd som cytologi. Därför tittar histopatologi på vävnader medan cytologi tittar på enskilda celler.