Nyckelskillnaden mellan CDS och cDNA är att CDS eller kodande sekvens är den del av ett transkript som faktiskt översätts till protein medan cDNA-sekvens är en DNA-sekvens härledd från mRNA genom omvänd transkription.
En gen är en nukleotidsekvens som kodar för ett protein. Den består av olika regioner som promotorregion, transkriptionsinitieringsplats, exoner, startkodon, introner och stoppkodon. Därför har en gen både kodande och icke-kodande sekvenser. Kodningssekvenser eller CDS avser exonerna och två kodoner, vilka är startkodon och stoppkodon. Det är sekvensen som faktiskt översätts till ett protein. Däremot är cDNA en DNA-sekvens härledd från mRNA genom omvänd transkription.
