Huvudskillnaden mellan homologa strukturer och vestigialstrukturer är att homologa strukturer är de anatomiskt liknande strukturerna som finns i olika organismer som delar en gemensam förfader medan vestigialstrukturer är de anatomiska strukturer som har tappat sin användbarhet för en organism.
Homologa strukturer är vestigiala strukturer är två typer av anatomiska strukturer som är evolutionära viktiga. Homologa strukturer är liknande strukturer som finns i olika organismer som kommer från en gemensam förfader. Däremot är vestigialstrukturer strukturer som inte längre är användbara för organismer och har en minskad storlek.