Nyckelskillnaden mellan AMPA- och NMDA-receptorer är att den specifika agonisten för AMPA-receptorn är alfa-amino - 3 - hydroxyl - 5 - metyl - 4 - isoxazolpropionsyra (AMPA), medan den specifika agonisten för NMDA-receptorn är N - metyl - D - aspartat (NMDA).
Det finns tre huvudtyper av glutamatreceptorer. Deras skillnad är baserad på agonisten som binder för aktivering av receptorn för glutamatbindning. Glutamatbindning öppnar de jonstyrda kanalerna för transport av natrium- och kaliumjoner. NMDA-receptorer underlättar också flödet av kalciumjoner över membranet.