Huvudskillnaden mellan mesoderm och mesenkym är att mesoderm är ett av de tre könsskikten av bilateralt symmetriska djur medan mesenkym är en odifferentierad vävnad som finns i embryonisk sann mesoderm.
Hos diploblastiska djur är kroppsplanen relativt enkel med två lager celler. De två skikten är den yttre ektoderm och den inre endoderm. Ektodermcellerna vetter mot miljön och endodermcellerna vetter mot enteronen, vilket är ett hålrum med en enda öppning mot utsidan. Öppningen är munnen. Dessutom är triploblastiskt tillstånd det tillstånd i vilket ett tredje skikt som kallas mesoderm utvecklas i embryot. Mesoderm ligger mellan ektoderm och endoderm och separerar de två cellskikten. Det tredje lagret är viktigt för kroppen. Hos vissa djur förblir mycket av mesoderm odifferentierad och bildar en förpackningsvävnad som kallas mesenkymet, som stöder och skyddar kroppens organ.
