Huvudskillnaden mellan mesenkym och ektomesenkym beror på vilken typ av celler de innehåller. Mesenkym innehåller lösa celler som lätt migrerar för att bilda markvävnaden av kollagen och ben- och broskvävnad medan ektomesenkym innehåller nervceller och bildar vävnaderna i nacke och kranium.
Både mesenkym och ektomesenkym är närvarande i embryonstadiet. Utvecklingen av mesenkymet och ektomesenkymet är viktigt för att studera utvecklingen av olika vävnader som härrör från dessa celler.