Huvudskillnaden mellan alfa- och beta-helix är beroende av vilken typ av vätebindning de bildar för att utveckla dessa strukturer. Alfa-helixer bildar intramolekylära vätebindningar medan beta-helices bildar intermolekylära vätebindningar.
Komplexa proteiner har fyra strukturella organisationsnivåer - primära, sekundära, tertiära och kvartära. Proteinernas sekundära strukturer bildar peptidkedjorna i olika riktningar. Peptidkedjorna består av aminosyrasekvenser bundna av peptidbindningar. Därför finns det två huvudsakliga sekundära strukturer i proteiner som alfa-helix och beta-helix. Dessutom finns det andra sekundära strukturer som kallas beta-sväng och hårnålsstrukturer. Huvudsakligen fokuserar denna artikel på skillnaden mellan alfa och beta helix.
