Nyckelskillnaden mellan mikronukleus och makronukleus är att mikronukleus är den mindre kärnan som innehåller kimlinjegenomet hos ciliatprotozonerna medan makronukleus är den största kärnan, som innehåller det somatiska genomet av ciliatprotozoer.
Kärndimorfism är fenomenet att ha två olika typer av kärnor inom samma cell. Det är en speciell egenskap som finns i protozoan ciliates och vissa foraminifera. Dessa två kärnor är makronukleus och mikronukleus. De innehåller separata genom. Makronukleus är den större som styr metabolismen av ciliatprotozoer medan mikronukleus är den mindre som utför reproduktionsfunktioner och genererar makronukleus.
