Huvudskillnaden mellan protomerer och kapsomerer är att protomerer är strukturella enheter av oligomera proteiner medan kapsomerer är individuella proteiner som består av protomerer, vilka är strukturella underenheter av den virala kapsiden.
Ett virus är en intracellulär obligatorisk parasit, som är en infektiös partikel. Kapsiden är en av de två huvudkomponenterna i en viruspartikel. Det är en proteinbeläggning som omger och skyddar virusgenomet. En kapsid består av protomerer, vilka är strukturella enheter av oligomera proteiner. Capsomer är en strukturell underenhet av den virala kapsiden, och det är en aggregering av flera protomerer som en enhet. Således monteras protomerer själva för att bilda en capsomere och capsomeres självmonteras för att bilda en kapsid.
