Huvudskillnaden mellan porins och aquaporins är att porins är vattenfyllda porer och kanaler som finns i membranen hos bakterier och eukaryoter. Under tiden är akvaporiner membranproteiner som bildar vattenselektiva kanaler i levande celler.
Olika molekyler går in och ut ur cellen över plasmamembranet i levande organismer. Således finns det olika membranproteiner i plasmamembranet för att bibehålla och reglera molekylerna som kommer in och ut från cellerna. Poriner och akvariner är två sådana typer av membranproteiner. Av dessa är porinerna vattenfyllda porer som underlättar transporten av hydrofila molekyler över membranet. Under tiden är akvariner vattenselektiva kanaler som specifikt tillåter vatten att passera fritt över membranet.
