Huvudskillnaden mellan proteomik och metabolomik är att proteomik är studien av alla proteiner i en organism medan metabolomics är studien av alla metaboliter i en organism.
Genomik är studien av den genetiska sammansättningen av en organism. Proteomik och metabolomik är två omiska vetenskaper relaterade till genomik. Proteom avser alla proteiner i en cell eller en organism. Metabolom, å andra sidan, avser alla metaboliter i en organism. Således är studien av proteomen proteomics medan studien av metabolome är metabolomics. Både proteomik och metabolomik är viktiga för sjukdomsdiagnostik och för karakterisering och screening av organismer. Dessutom är båda anslutna i många aspekter av cellbiologi, särskilt i cell signalering, proteinnedbrytning och generering och post-translationell modifiering.
