Huvudskillnaden mellan mitokondrier och kinetoplast är att mitokondrier är eukaryota cellorganeller som producerar energi (ATP). Under tiden är kinetoplast ett nätverk av cirkulärt DNA som finns i en stor mitokondrion, speciellt i protozoer i klassen Kinetoplastea.
Eukaryota celler har olika typer av cellorganeller. Dessa olika organeller utför olika funktioner inom den levande cellen. Av dessa är mitokondrier en av de membranbundna organeller som ses i en eukaryot cell. De är organellerna som är ansvariga för energiproduktion (i form av ATP) i celler. Därför betraktas de som kraftceller i cellen. Mitokondrier har sitt eget genom, vilket är cirkulärt DNA som ärvs moderligt. Kinetoplast är nätverket av cirkulärt DNA som ses i den stora mitokondrionen hos organismerna som tillhör klass Kinetoplastida. Därför ses kinetoplaster endast i denna eukaryota underdomän.
