Huvudskillnaden mellan patofysiologi och patogenes är att patofysiologi förklarar tillstånd som vanligtvis observeras under ett sjukdomstillstånd såväl som processer eller mekanismer som fungerar inom en organism medan patogenes förklarar ursprunget och utvecklingen av en sjukdom och om sjukdomen är akut, kronisk eller återkommande.
Patofysiologi och patogenes är två liknande termer som används för att förklara förekomsten av en sjukdom och relaterade mekanismer och egenskaper. Patofysiologi gäller de tillstånd som observerats under ett sjukdomstillstånd och de processer som pågår inom en organism. Patogenes fokuserar främst på sjukdomens ursprung och utveckling. Båda studierna är viktiga för att diagnostisera en sjukdom och förhindra spridning av den.
