Nyckelskillnaden mellan QTL och GWAS beror på vilken typ av sekvenser som används i analysen. QTL använder kopplingsgen loci för att analysera fenotypiska drag som är associerade med polygen arv medan GWAS använder hela genom-sekvenser för att analysera enstaka nukleotidpolymorfier av ett visst tillstånd.
QTL-kartor och GWAS spelar en viktig roll i de genetiska analyserna för olika egenskaper. Dessutom är de viktiga för att analysera olika sjukdomstillstånd med okänd etiologi. Dessutom spelar sekvensering en nyckelroll i båda teknikerna. Dessa tekniker kan vidare kopplas till andra tekniker med hög kapacitet för ökad noggrannhet och precision.
