Huvudskillnaden mellan kandidatgenen och GWAS är att kandidatgenmetoden undersöker den genetiska variationen inom ett litet antal förutbestämda gener av intresse medan GWAS undersöker hela genomet för en gemensam genetisk variation bakom ett visst sjukdomstillstånd.
Kandidatgenstrategi och genomomfattande associeringsstudier (GWAS) är två metoder som är viktiga för att detektera genetisk mottaglighet för sjukdomar. Kandidatgen-tillvägagångssättet är baserat på ett förutbestämt litet antal gener medan GWAS bygger på att testa hela genomet. Därför kräver kandidatgenmetoden förkunskaper om gener som är relevanta för sjukdomen, till skillnad från GWAS.
