Huvudskillnaden mellan acetyl CoA och acyl CoA är att acetyl CoA (eller acetylkoenzym A) hjälper till med protein-, kolhydrat- och lipidmetabolism medan acyl CoA (eller acylkoenzym A) hjälper till vid metabolismen av fettsyror.
Acetyl CoA är mycket användbart för att leverera acetylgruppen till Krebs-cykeln för energiproduktion. En acetylgrupp är en funktionell grupp som har den kemiska formeln -C (O) CH 3. En acylgrupp är också en funktionell grupp med den kemiska formeln –C (O) R där R-gruppen är en fettsyrasidokedja. Det är användbart vid produktion av energi via omvandling till acetyl CoA.