Huvudskillnaden mellan Protostomes och Deuterostomes är att i protostomer blir blastopore munnen medan det i deuterostomes blir anus. En annan stor skillnad är att emboston av protostomer genomgår spiralklyvning medan embryon av deuterostomer genomgår radiell klyvning.
För att förstå dessa två termer skulle det vara viktigt att vara uppmärksam på hur den embryonala utvecklingen av organismer sker. Det skulle vara särskilt viktigt att överväga djur med en coelom, som är en vätskefylld hålighet som ligger mellan endoderm (tarm) och mesoderm (mestadels muskelskikt); med andra ord är coelom bukhinnan hos däggdjur. Protostomes och deuterostomes är de två huvudtyperna av coelomate djur, och det finns många skillnader mellan dem. De skiljer sig främst i hur deras mun och anus bildas under embryonal utveckling.
