Huvudskillnaden mellan kolonisering och infektion är att kolonisering är processen för etablering av mikroben i kroppsvävnaderna medan infektion är processen för att invadera kroppsvävnader av mikroben för att orsaka symtomen på sjukdomen.
Mikrobernas patogenicitet är en fullständig biokemisk och strukturell process som definieras av den kompletta mekanismen där mikroorganismen orsakar sjukdomen. Exempelvis kan bakteriers patogenicitet associeras med olika komponenter i bakteriecellen, såsom kapsel, fimbriae, lipopolysackarider (LPS) och andra cellväggskomponenter. Vi kan också associera det med den aktiva utsöndringen av ämnen som skadar värdvävnaderna eller skyddar bakterierna från värdförsvar. Kolonisering och infektion är två termer i mikrobiell patogenicitet. Det första steget i den mikrobiella patogeniciteten är kolonisering. Det är känt som rätt etablering av patogenen i värdvävnaderna. Tvärtom är infektion patogenens invasion av kroppsvävnader för att orsaka sjukdomen.
